No sé cuál es tu puesto en la empresa, dejémoslo en asesor, que es lo que somos, en definitiva. Si es posible, se anula el parte de baja que se ha emitido y se hace uno nuevo, donde figura como fecha de baja el día en que deja de trabajar y como fecha del accidente el que se produjo. Nadie puede trabajar estando de baja, no puedes pagarle como horas extraordinarias porque no puede trabajarlas.
Estás en un aprieto, pero puede ser mucho peor si el trabajador denuncia la situación de haber estado trabajando de baja, lo que sin duda hará si no se le paga. Creo que todos podemos equivocarnos en un parte de baja, se reconoce y no pasa nada, sólo es un parte y no hay mala fe en el error. Pero tener a alguien trabajando durante su baja se sale de madre.
La situación que me planteas es super frecuente, notificar un accidente días después de producirse. En último caso, resolver el papeleo de la mejor forma posible no debe hacernos caer en la mala praxis, como sería perjudicar al trabajador.
Un saludo
Javier