El amoniaco gas por si mismo no es tóxico, pero al entrar en contacto con mucosas, por su contenido en agua se convierte en hidróxido amónico con gran capacidad cáustica e irritante siendo este el responsable de las lesiones en vía aerea, aparato digestivo y ojos. Además se producen lesiones por quemadura térmica ya que al reaccionar el amoniaco con el agua se desprende calor.
En cuanto a los efectos pulmonares puede causar edema pulmonar y puede llegar a darse una obstruccion del mismo.
El problema mas grave existe cuando, productos que contienen amoniaco se mezclan con productos que contienen bases cloradas y que al reaccionar entre sí producen gas cloro que este sí puede llegar a ser mortal.