No sé si a estas fechas tienes respuesta o no, pero como veo que no te han dado muchas respuestas te digo mi opinión.
El protocolo debería aplicarse si hay el riesgo identificado, es decir, si el riesgo existe (podría aplicarse con independencia de la valoración del riesgo; sólo por su simple presencia).
Que exista o no dicho riesgo en ese puesto de trabajo es muy relativo, ya que depende de la o las actividades que realice y de cómo las realice.
El médico del trabajo, ante la duda o sospecha de posibilidad de existencia del riesgo, pude aplicar el protocolo aunque no esté identificado el riesgo. También hay que tener en cuenta que durante el examen de salud, el médico interacciona con el trabajador/a y puede recibir información que haga aconsejable que aplique el protocolo.
Saludos