El plus transporte es un complemento extrasalarial, sólo se considera salario la parte del mismo que supere el 20% del SMI, esta parte si habría que pagarsela. Yo supongo que está cobrando el 100%, porque en la mayoría de los convenios ya se recoge, que la empresa completará hasta el 100% del salario, cuando el trabajador esté en situación de I.T. Por ello, este señor ya está cobrando esa cantidad, porque si el 20% del plus transporte se considera salario, tiene que cotizar a la seguridad social, con lo que en la base de cotización ya se encuentra recogido.
No sé si te lo habré aclarado del todo, aunque espero que sí.
Un saludo