Con los datos que das va a ser dificil que se te conteste.
¿El protocolo es para el correcto embalaje y paletización desde el punto de vista de la seguridad? Entonces, atiende muy detenidamente a los manuales de instrucciones de uso de la embaladora y de la paletizadora. Quien los ha fábricado te indicará cómo han de utilizarse mejor que nadie.
Si el protocolo es atendiendo a los “residuos especiales”, deberías definir que entiendes por residuo especial, y preguntar en otro tipo de foro (medio ambiente).
Siempre digo lo mismo, nadie mejor que uno mismo para elaborar protocolos de SUS centros, puesto que son SUS máquinas, SUS instalaciones.
Saludos.