Las audirorias son un proceso sistematico, independiente y documentado para la obtencion de evidencias de lo que se esta auditando ya sea calidad, medio ambiente o conducta como es en tu caso y de esta manera poder evaluar en forma objetiva y con el fin de determinar la extension en que se cumplen los criterios por los cuales fue realizada la auditoria.
Existen varias formas de realizar una auditoria, creo que en tucaso podrias tomar como parametro base las auditorias desde el punto de vista de la ISO 9000 de calidad, ya sea como modelo para realizar tu cuestionario de auditoria, saber que preguntar, a qien, cuando y donde.
Debes investigar cual debe ser el comportamiento del auditor frente a los auditados, pues el auditor solo debe asegurarse con que se esta cumpliendo y con que no.