En la evaluación de la exposición a agentes biológicos existe un hecho diferencial respecto a la evaluación de agentes químicos o físicos, y es la falta de unos criterios de referencia cuantitativos que permitan realizar una valoración precisa del riesgo. Así pues, aunque es posible realizar mediciones y existen estrategias y métodos de muestreo, se carece de valores límite con los que contrastar los resultados.
Como en cualquier evaluación, el objetivo final es la prevención de la aparición de los efectos adversos y para el caso de los riesgos biológicos, la mejor forma de actuar consiste en la realización de un estudio profundo del proceso productivo, de los agentes biológicos que estan o que pudieran estar presentes, de sus requerimientos vitales, de las enfermedades que pueden causar y en la aplicación de las medidas preventivas que resulten más eficaces a la hora de evitar, si es posible, la formación de focos de contaminación y la liberación al medio ambiente de estos agentes biológicos.