Yo te recomendaría que efectivamente hicieras una medición de Calidad de Aire Interior. Es la mejor manera que tienes de saber cual puede ser el origen de las quejas, y si estáis o no en valores aceptables.
Los precios van a depender del trabajo que lleve, como es lógico: Puntos de medición, valores a tener en cuenta, etc. Y tendréis que decidir con qué detalle os metéis a hacer el estudio: ¿Merece la pena detenerse mucho con el sistema de ventilación, si en un año dejáis el edificio?
El estudio, en todo caso, debería hacerlo un SPA. Entre otras cosas, porque en temas de prevención son los únicos acreditados para elaborar un informe que te pueda servir. Te pongo un ejemplo: Un plan de emergencia debe ser hecho por un SPA, no vale ni siquiera uno hecho por los bomberos. En este caso, entiendo que te puede pasar algo parecido.
SPA que trabaje estos temas hay algunos. Aunque me acuséis de hacer publicidad, te recomiendo el sitio en el que yo trabajo: Grupo Interlab. Tenemos laboratorio, y los temas de higiene no los llevamos mal. Si quieres, pregunta referencias por ahí, para quedarte convencida.