Si ambos van a encargarse de gestionar la prevención de la empresa sin ninguna otra ayuda, pues no hay diferencias. Si el técnico del servicio de prevención propio solo va a gestionar 2 especialidades (mínimo si vas a crear un servicio de prevención propio) y las otras contratadas con un servicio ajeno, esa parte ya no será responsabilidad directa de dicho técnico, aunque como responsable de la empresa imagino que le corresponda la supervisión de los trabajos realizados por el SPA.
En definitiva, no encuentro ninguna diferencia llamativa, no obstante, si te estás planteando escoger entre los dos modelos, yo solo crearía el servicio de prevención propio cuando sea extrictamente necesario.